জন মাগুফুলির বিরুদ্ধে মূল অভিযোগ ছিল দুর্নীতির। এ ছাড়াও, স্বৈরশাসকের মতো বিরোধীদের দমনের অভিযোগ ছিল। করোনা মহামারি নিয়েও তার দৃষ্টিভঙ্গি ছিল বিতর্কিত।